最好是将氨化秸秆随处理随喂，这样营养和适口性都好，还不用保存。为了利用有利季节进行氨化或为了贮备冬用，可以将氨化好的秸秆进行贮备。
　　1．原封贮存
　　利用秸秆氨化所用的窖、堆、袋、缸等容器，原封不动长期保存。但要加强管理，防止塑料膜有破口，切忌灌进雨水，否则会霉变和腐烂。因为氨化好的秸秆，内部结构变得松软，养分也得到增加，在一定温度条件下，如氨气跑掉和空气进入，十分适应于各种微生物活动。低温时造成霉变，形成霉云；高温时，腐败菌等活跃会造成腐烂。最主要的是空气和水分，因此要严格控制这两个条件，即不漏气、漏水。一旦出现漏气、进水，一定要抓紧时间晒干。
　　2.室内贮存
　　打开氨化窖、堆后，必须迅速放氨晒干。晒干的氨化秸秆，可以像干草一样放进草棚贮存。当然，贮草棚也要防止漏雨，这和干草贮存是～样的。
　　3.大垛贮存
　　如果长秸秆氨化，可以在晒干后堆成草垛贮存，具体方法同干草一样，最好能用塑料薄膜、席子、草帘等遮盖。保存3～5月，营养物质的损失不会太大，特别是冬季保存更好。但在多雨季节，这种方法是不适宜的。