菜籽中含有一种叫做芥子苷的物质，它本身无毒，但是芥子苷在芥子苷酶的作用下会水解为异硫氰酸酯和腈。异硫氰酸酯可进一步分解为腈和噁唑烷硫酮。异硫氰酸酯和噁唑烷硫酮会导致甲状腺肿大，它们和腈都严重影响适口性，因此，一般需经过去毒处理，才能保证饲用安全。完整菜籽中的芥子苷不会受到酶的作用。在传统的榨油方法中，菜籽被粉碎，芥子酶被释放出来，对芥子苷起降解作用，从而产生有毒物质，因此，必须控制酶的活性，勿使糖苷降解，如果它已经降解，可以利用各种物理化学方法使有毒有害成分发生钝化、破坏或结合等作用，排除毒物或解除毒性，从而消除或减轻其危害。近年来，在菜籽饼脱毒方面做了很多研究，为有效利用菜籽饼提供了基础。解毒和去毒的方法主要有以下几种：

　　(1) 热处理法　采用的有干热处理法、湿热处理法、压热处理法和蒸汽处理法等，方法的原理是使芥子酶在高温下失去活性，从而不能分解饼粕中的硫葡萄糖甙，缺点是使饼粕中的蛋白质利用率下降，而且硫葡萄糖甙仍留在其中，饲喂后可能受动物肠道内某些细菌的酶解而产生毒性。
　　(2) 水浸法　利用硫葡萄糖甙可溶于水的特性，将饼粕用水浸泡数小时，再换水。该方法脱毒率较高，但饼粕中的干物质损失较大，会造成大量营养物质的丧失。
　　(3) 醇类水溶液处理法　用乙醇和异丙醇等水溶液提取出饼粕中的硫葡萄糖甙、丹宁，并抑制芥子酶的活性。缺点是耗用溶剂较多，饼粕中醇溶性物质损失较大。
　　(4) 氨、碱处理法　氨可与硫葡萄糖甙反应，生成无毒的硫脲。碱处理多采用纯碱（Na2CO3），可破坏硫葡萄糖甙和绝大部分的芥子碱。氨、碱处理脱毒率高。
　　(5) 硫酸亚铁法　亚铁离子可直接与硫葡萄糖甙生成无毒的螯合物，也可与其降解产物异硫氰酸酯和噁唑烷酮等生成无毒产物。上述反应需在碱性条件下进行，一般使用20%硫酸亚铁溶液处理。
　　(6) 微生物降解法　利用某些细菌或真菌（霉菌、酵母）分解硫葡萄糖甙及其降解产物，在青贮饲料中加入菜籽饼，利用微生物的发酵作用去毒。该法大多处于试验阶段。
　　(7) 坑埋法　把粉碎的饼粕加水（饼：水比为1：1）浸泡后装进坑内，埋置2个月后即可饲用。该法操作简单，成本低，脱毒率可达89%，但有蛋白质和干物质损失。
　　(8) 培育低毒油菜品种　加拿大在20世纪70年代培育成功了以“托尔”（Tower）为首的一批“双低”品种（低硫葡萄糖甙和低芥酸），1979年加拿大利用“卡诺拉”（Canola）这个词代表所有“双低”菜籽品种，即芥酸含量在5%以下，硫葡萄糖甙含量在3mg/g以内。近年来又培育成功了皮薄、粗纤维低(仅4%)的“堪多尔”（Candle）“三低”品种。
　　近年来，我国已经育成双低油菜，在全国有一定的推广，双低油菜为解决菜籽饼有毒问题提供了根本性的解决方法。要解决菜籽饼中粗纤维含量高的问题，关键是在榨油前菜籽要脱壳，目前我国正在对这一工艺进行研究。