规模化养猪的发展，瘦肉猪的育种、营养和饲养等技术领域的成果被不断应用，已经使得中国养猪的技术水平和整体实力都得到了较好的发展和挖掘。目前，影响我国养猪业的瓶颈已经不是猪种、饲料和市场，而是各种疾病所带来的威胁。目前，我国的养猪者的思想观念和养殖环境决定了我国猪业的生物安全体系还不能适应健康猪的需求，每年因各种疾病造成的经济损失高达上百亿元，而因疾病所导致的生产成本上升、饲料和人工的浪费以及治疗性药物消耗的损失更加惊人。虽然目前我国的养猪行情比较好，但是因疾病原因所造成的各种显性和隐性损失，使得养猪企业和业户的成本增加，从而导致好行情下却出现微利甚至亏本的现象。不仅如此，因疾病传播和治疗所造成的病原污染和药物残留也对人类健康造成一定的威胁。由此可见，无论是从养猪生产还是大众消费的角度进行分析，疾病都是制约我国养猪业持续发展的主要原因。
　　1、新疫病的相继出现
　　猪繁殖和呼吸障碍综合症1987年首次在美国被发现，在之后不到10年的时间里该病迅速蔓延至世界各国，我国现在已经很难找到阴性猪场了。近来的断奶仔猪多系统综合症(PMWS)的传播速度，因种猪和肥猪的流通跨度的加大而更加迅速，在短短的2年时间里已经遍布全国，2001年仅广州、浙江、上海和河南等地比较严重，2002年就传播到了北京、山东和天津等北方地区。而且国外刚发现不久的疾病，如尼帕病毒、猪盖他病毒、猪增生性肠炎等，也相继在国内发现，许多其他的疾病也有迹象要传入我国。
　　2、传统疾病的非典型化
　　过去的许多典型病例，现在已经很难在临床上发现，取而代之的疾病是非典型化，如猪瘟，过去表现为高死亡率，而现在出现了母猪繁殖失常、新生仔猪先天感染、持续感染、免疫耐受和带毒等多种形式。还有过去的猪传染性胸膜肺炎、萎缩性鼻炎和猪附红细胞体多是隐性感染，而近几年多数变为应激性发病，只要存在应激就有可能病变。
　　3、免疫系统被攻击
　　许多病原，如猪繁殖和呼吸障碍综合症、伪狂犬、猪流感和猪圆环病毒，造成的损害不仅是发病，更主要的是造成猪群的免疫抑制由此引起的多种低致病性的病原复合症，甚至达到难以控制的程度，还造成对疫苗的反应增强、副作用大，或使免疫失败和对治疗没有应答。该类原因引起的疾病已经日益成为发病的主要原因。
　　4、侵害哺乳仔猪及断奶仔猪
　　哺乳仔猪常因垂直感染而发病；断奶仔猪由于母源抗体的降低，加上断奶、换料、转群、高密度饲养等多重应激，抵抗力下降，易发生感染。由于哺乳仔猪及断奶仔猪免疫功能不健全，发病后死亡率高，幸存者也多成为僵猪，给养猪业带来严重打击。猪繁殖与呼吸障碍综合症、猪呼吸道综合症和断奶仔猪多系统衰竭综合症等都曾给许多猪场的哺乳母猪和断奶仔猪造成严重损失。
　　5、呼吸道病复合征问题日益突出
　　现代工厂化养猪由于生产规模和饲养密度加大，猪舍小气候环境恶劣，加上频繁周转，引起应激反应增加，造成猪只机体抵抗力下降，导致猪呼吸系统传染病的发病越来越频繁。猪呼吸道疾病综合症是由病毒、细菌、环境应激和猪体免疫力低下相互作用引起的呼吸道疾病的总称。目前呼吸道病复合征几乎已是影响全球养猪业经济效益的头号疾病，在我国猪场普遍发生，而且很难清除。呼吸道病复合征除了造成直接死亡之外，更为严重的是使猪增重缓慢(5％－25％)，饲料利用率低(5％－25％)，出栏时间推迟(15－20天)，并长期携带多种相关病原体。
　　6、初次暴发死亡惨重
　　近年来新出现的传染病，在初次暴发时，由于猪群尚未建立有效的特异性免疫屏障，往往呈急性爆发，迅速蔓延死亡惨重。猪繁殖与呼吸障碍综合症暴发时繁殖母猪的死亡率在20％以上，哺乳仔猪的死亡率在30％－100％。断奶仔猪多系统综合症的死亡率在20％－40％。
　　7、循环感染带病生产
　　在繁殖、保育、育肥一条龙连续作业的集约化高密度饲养模式下，疫病一旦传入，通过母仔间的垂直传播和由“老”的育肥猪向“年轻的”育肥猪的逆向传播，造成病原在猪群中的循感染，难于清除，严重影响猪群的生产性能。