1．微生态制剂在水产动物疾病防治中的作用机制
　　(1)“三流运转”理论　微生态制剂在动物机体内可以成为非特异性免疫因子，增强吞噬细胞的吞噬能力和B细胞产生抗体的能力，还可抑制肠道中腐败微生物的过度生长和毒性物质产生，保持肠粘膜的完整性，保证微生态系统中基因流、能量流和物质流的正常运转。
　　(2)正常菌群与营养关系理论　肠道内的正常微生物不仅有助于食物的消化，而且还可合成蛋白质和维生素，从而提高机体的抗病能力。
　　(3)菌膜群或屏障作用理论　又称生物拮抗理论。正常微生物群构成的机体防御屏障包括化学屏障和生物屏障二方面。由微生物的代谢产物如乙酸、丙酸、乳酸、抗生素和其它活性物质 (如酶)等共同组成化学屏障；而微生物群有序地定植于粘膜、皮肤等表面或细胞之间则形成生物膜，此即为生物屏障。这些屏障可以阻止病原微生物的定植，起着占位、争夺营养、互利互生等生物共生或拮抗作用。服用微生态制剂后，机体能产生生物防御作用。
　　(4)优势种群理论　在正常微生物群中，少数优势种群对整个种群起着控制作用，一旦失去优势种群，就导致微生态平衡失调。使用微生态制剂的目的就在于补充或恢复种群优势，使失调的微生态达到新的平衡。由于动物肠道中厌氧菌与需氧菌的比例为99：1，所以肠道中的优势菌为厌氧菌，服用微生态制剂后，厌氧菌会增加。
　　(5)生物夺氧理论　微生态制剂中的有益耗氧微生物在动物体内的生长繁殖，降低了肠道内氧分子的浓度，促进了厌氧菌的繁殖，从而使微生态恢复平衡。

　　2．微生态制剂在水产动物疾病防治中的应用研究
　　据国外研究者的报道，对虾幼体(Giriffity， 1995)、蟹幼体(Nogami等，1992，1997)、扇贝幼体 (Riguelme等，1996)、大西洋牡蛎(Gibson等， 1998)、普通鲑鱼的稚鱼(Smith等，1993；Austin等，1995)摄取了专门的饲用微生态添加剂后，疾病明显减少，幼体和稚鱼的成活率提高。Itami等 (1993)将处理过的弧菌(vibrio sp．)分别以0.05％、0.5％和5％的份量添加于微胶囊饵料中饲喂斑节对虾幼体，结果显示：实验组成活率分别为 39％、38％和25.5％，而对照组仅为19.5％，显然是增强了斑节对虾幼体的抗病性。
　　在国内，以微生物作为水产苗种饵料或饲料添加剂在防治疾病、抗逆方面的研究报道也较多。桂远明(1994)报道微生态制剂可以调整鱼类肠道内菌群的微生态平衡，刺激细胞系统(如T细胞系统)，从而形成高效价的特异性抗体，增强鲤鱼的免疫能力和抗病能力。张淑华等(1994)的研究结果表明，在饲料中添加0.1％、0.15％的益生素可提高对虾的成活率；杨思芹等(1995)所作的中国对虾人工饲养试验结果显示，摄取益生制剂组的对虾，其活力及抗病性均好于对照组；吴根(1996)报道，微生态制剂可以提高杂交鲤鱼的越冬能力，使冷休克死亡率从63％降到52％；北京市水产科学研究所研制的“草鱼专用微生态制剂1号”、“鱼种抗病型微生态制剂2号”和“水产生物通用型微生态制剂3号”，添加在草鱼、鲤鱼的饲料中，试验组鱼的免疫能力比对照组均有较大提高。李淑侠等分析了微生态制剂中的抑菌物质成分。到目前为止，据不完全统计，已有青、草、鲢、鲫、鲤、鳊、石斑鱼、对虾、鲟、鳜、鲈、鳗、鲑鳟、乌鳢、鳖、蟹、牡蛎等十余种水产动物试用或应用过微生态制剂，均在不同程度上增加了抗病力。
　　微生态制剂的研究与开发已取得了一系列可喜的成绩，然而，更多优良菌种的寻找、菌种的耐受性、作用机制等，都有待于进一步研究。随着社会的进步，人类与各种疾病(包括动物疾病)的斗争方式变得更主动、更灵活，反映了不同医学发展时代的特点。在治疗医学时代，主要是探求各种治疗药物和手段；在预防医学时代，产生了许多具特异性的疫苗和措施；而在保健医学时代，各种微生态调节剂、营养添加剂及免疫促进剂应运而生。在水产养殖中，动物的个体密集程度较高，不仅饲养动物易发病、易传染，须防患于未然；就动物的外在环境而言，也有一个水域生态平衡问题。微生态制剂对水质净化的功能同样是一大研究课题。