在生产中不少人认为粪肥特别是猪粪直接向水中施用，可被杂食性鱼类例如鲤鲫等先作为饵料利用，实际这种作法在过去人工养鱼水平低的年代尚可，但对于当前集约化养殖水平较高、鱼病蔓延较严重现状则弊远远大于利。为了保障健康养殖，提倡对粪肥窖坑发酵，让其充分腐熟后再根据池塘水色合理施用。这是因为：
　　1、粪肥是复杂的有机物质，直接施入水体，其矿化分解过程中进行，耗氧量太大。根研究，将1吨牛粪完全矿化分解成无机盐需消耗3.5吨氧气，而1亩水面2米水深溶氧充足时总的溶氧量不过7公斤左右，足见粪肥分解过程对池塘溶氧的严重影响程度。经窖坑发酵后，复杂的有机物质变成简单的有机物质，虽然施入水体中需要继续分解耗氧，但主要的耗氧过程中在窖坑中完成的，对水质的影响就小多了。
　　2、粪肥中往往有含多种致病菌，例如草食性动物牛、羊、兔粪中就含有大量的粘细菌。通过发酵释放出大量的热量，再结合向窖坑中施用一定量的生石灰或富氯或强氯精，可有效杀灭其中的病原体。