从微生物肥料的功能不同可将其分为二类。

　　1、微生物拌种剂

　　利用多孔的物质作为吸附剂(如草炭、蛭石)，吸附菌体的发酵液而成菌剂，这种菌剂用于拌种或蘸根。有益微生物通过其生命活动增加植物营养元素的供应，改善植物营养状况而增产。其代表品种为各类根瘤菌肥料，主要应用于豆科植物，使其能在豆科植物根、茎上形成根瘤，同化空气中的氮素来供应植物氮素营养。

　　也可将两种或两种以上微生物(固氮菌、芽孢菌或其它一些细菌)互不拮抗、互相有利，通过其生命活动使作物增产，其作用不仅提高营养元素的供应水平，还包括菌在繁殖过程中自身产生的各类植物生长刺激素，拮抗某些病原菌，达到抑制病害的目的，尤其是土传病害，例如线虫病害、全蚀病、青枯病、枯萎病等。有的菌剂能活化土壤中被固定的磷、钾矿物，使之被植物吸收。另一些菌剂能加速作物秸秆的腐熟和促进有机废物发酵。

　　2、复合微生物肥料

　　除了含有效微生物外，还有一些营养物质。根据营养物质的不同可分为：微生物和有机物复合；微生物和有机物质及无机元素复合。如果根据作用机理则可分为：以营养为主；以抗病为主，以降解农药为主；也可多种作用同时兼有。每种肥料各有特色，作用不完全一致，但目的都是为了提高作物的产量，减少化肥用量，降低成本，改良土壤和改善作物品质，保护生态环境。

　　如果按其制品中特定的微生物种类，可分为细菌肥料(根瘤菌肥、固氮、解磷、解钾肥)、放线菌肥(抗生肥料)、真菌类肥料(菌根真菌、霉菌肥料、酵母肥料)、光合细菌肥料。

　　如果按作用机理，可分为根瘤菌肥料、固氮菌肥料(自生或联合共生类)、解磷肥料、硅酸盐类肥料、芽孢杆菌制剂、分解作物秸秆制剂、微生物植物生长调节剂类。目前正处于研究与探索的促进植物生长调节剂类。

　　二、微生物肥料的应用

　　微生物肥料中的有益微生物进行生命活动时，需要能量和养分。当进入土壤后，能源物质和营养供应充足时，其所含的有益微生物便大量繁殖和旺盛代谢，从而发挥其效果。反之则无效果或效果不明显。当土壤生态环境(水分、温度、氧气、pH、氧化还原电位因素等)适宜于肥料中的有益微生物生活时，其效果尤为显著，因此，合理的农业技术设施可以改善土壤环境，提高微生物肥料的有效性。

　　微生物肥料的作用是综合性的。首先它能增加肥力，这是作为微生物肥料的主要功效。微生物的生命活动与土壤肥力之间的关系是肯定的，但由于一些研究不到位，有的机理还不能完全阐明；其次是能协助农作物吸收营养，如根瘤菌能在根瘤中固定氮素并被植物吸收，既能全部利用又无污染问题。AM真菌是一种土壤真菌，它与多种植物根系共生，其菌丝可以吸收更多的营养供给植物吸收利用，尤其磷的吸收最明显；微生物肥料还可以增加植物的抗病虫害和抗旱能力。利用微生物肥料的另一个作用是减少化肥的使用量，同时提高作物品质。

　　生产微生物肥料所用菌必须是安全的。菌种首先必须对人、动物、植物无急性、恶急性病害，其次要有一定的功效。优良菌株很重要，因为同一种菌，经过筛选或诱变，可以筛选到作用更强的菌株。菌种应用要科学、合理。有的肥料产品将大豆根瘤菌用于禾本科作物如小麦、玉米等，这是十分可笑的。芽孢类菌组合也应做试验，有些种类不适宜组合，有些菌的安全性也应检定。微生物肥料不要长时间暴露在阳光下，以免紫外线杀死肥料中的微生物，有些产品不宜与化肥混用，更不能与杀菌剂混用。

　　微生物肥料发展很快，但不可能解决生产中的全部问题，是应该大力发展的肥料品种。 　　

　　三、微生物肥料使用应注意的问题

　　为了确保微生物肥料的使用效果，广大微生物肥料消费者在推广应用时注意以下几个问题：

　　1、没有获得国家登记证的微生物肥料不能推广。国家规定微生物肥料必须经农业部指定单位检验和正规田间试验，充分证明其效益、无毒、无害后由农业部批准登记，而且先发给临时登记证，经3年实际应用检验可靠后再发给正式登记证。正式登记证有效期只有5年。所以没有获得国家登记证的微生物肥料，质量有可能出问题，不要大面积推广使用。

　　2、有效活菌数达不到标准的微生物肥料不要使用。国家规定微生物肥料菌剂有效活菌数≥2亿/克，大肥有效活菌数≥2000万/克，而且应该有40%的富余。如果达不到这一标准，说明质量达不到要求。

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